上元門站為南京地鐵三號線的中間站、江南的第一個站，車站位于中央北路與燕江路、永濟大道的交叉路口，大致呈南北方向沿中央北路跨路口設置。該車站由于地質條件復雜等因素，成為影響三號線土建施工工期的主要原因，本車站自2010年年底開始施工，至2014年7月29日，最后一塊底板順利封閉。

該車站自北向南共分為23軸，1-8軸為北端大盾構井，作為上元門站的一期基坑，為江北過江大盾構接收井，施工較順利。8-23軸為車站二期基坑，按照原設計豎向設置6道支撐+1道換撐，第一道支撐采用間距6m的混凝土支撐600×800mm，臨時路面板下局部采用800×1000mm混凝土支撐。第四、第五道支撐采用水平間距3m、φ800 t=16mm的鋼管支撐，其余均采用水平間距3m、φ609 t=16mm的鋼管支撐。在后續的土方過程中，由于地質條件復雜、監測數據持續異常、坑內發生了管涌等因素，施工一度陷入僵局。經過地質詳勘后，發現位于17軸附近存在一條較大的地質破碎帶，嚴重影響施工安全。為了保證施工有序開展，經過專家論證后將第四、五道鋼管支撐換成了混凝土支撐，基坑內采用注漿的形式遏制管涌，此舉雖然有效減小了監測數據的持續增大但仍然無法從源頭上消除管涌現象。經過地鐵公司的協調，請來院士錢七虎的專家為下步施工建言獻策，經過專家的意見采用聚氨酯注漿技術后，邊注漿邊開挖，即使管涌現象得到了有效控制，也保證了施工的有序開展。